Т>Get-Mailbox -Filter "CustomAttribute2 -eq 'bla@bla'" — нормально.

Т>Get-Mailbox -Filter "CustomAttribute2 -eq ''"
Т>Get-Mailbox -Filter "CustomAttribute2 -eq null"
Т>- ругается.

Вот как сработало:
Get-Mailbox -Filter "-not (CustomAttribute2 -like '*')"
Через Житомир, так сказать.