Был проект такого вида:

\_____\dll_name1 (.dsp, .cpp, .rc)
| |___ \inc (.h)
| |____\rc (.ico, .cur)
|
|____\dll_name2 (.dsp, .cpp, .rc)
| |___ \inc (.h)
| |____\rc (.ico, .cur)
|
|____\dll_name50 (.dsp, .cpp, .rc)
| |___ \inc (.h)
| |____\rc (.ico, .cur)
|
|____\exe_name (.dsp, .cpp, .rc)
| |___ \inc (.h)
| |____\rc (.ico, .cur)
|
|____ \common_inc(.h)
|____ \common_rc (.ico, ...)

1. После загрузки в .NET перестала работать интерграция с VSS (SourceSafe) для файлов из common_inc и common_rc.
2. Исчезли фолдеры External Dependencies из фолдеров проектов.
3. У всех проектов теперь всегда перекомпилируются ресурсы.

Для решения проблемы 1 пришлось перестроить структуру как

\_____dll_name1.vcproj
|_____\dll_name1 (.cpp, .rc)
| |___ inc (.h)
| |____rc (.ico, .cur)
|
|____dll_name2.vcproj
|____dll_name2 (.dsp, .cpp, .rc)
| |___ inc (.h)
| |____rc (.ico, .cur)
|
|____dll_name50.vcproj
|____dll_name50 (.dsp, .cpp, .rc)
| |___ inc (.h)
| |____rc (.ico, .cur)
|
|____exe_name.vcproj
|____exe_name (.dsp, .cpp, .rc)
| |___ inc (.h)
| |____rc (.ico, .cur)
|
|____ common_inc(.h)
|____ common_rc (.ico, ...)

Для решения 3ей проблемы пробывал применить советы из статьи http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;EN-US;Q326946
Не помогло...
Оказалось, что если есть ситуация как-то

_____ hello.rc ___________________

#ifdef DEFINE_NOT_DEFINED
#include "FileNotExist.h"
#endif

_______________________________
то файл ресурсов всегда перекомпилируется и проект перелинковывается.

Удачи, Александр