Это делается при помощи не MSI, а merge modules — MSM, Вам необъодимо найти (или создать) необходимые MSM и уже их включать в MSI. А если используете ClickOnce, то там можно добавить нужные MSI в prerequisites, тогда они будут инсталлироваться перед развертыванием Вашего приложения.
данное сообщение получено с www.gotdotnet.ru
ссылка на оригинальное сообщение