Это делает утилита ngen:
c:\WINDOWS\Microsoft.NET\Framework\v*.*.*****\ngen.exe
Да это полностью исполняемый файл, в рантайме его компилияция проводиться уже не будет, но фреймворк на машине все равно должен быть установлен.
данное сообщение получено с www.gotdotnet.ru
ссылка на оригинальное сообщение