K>Проблема: пока на машине стоял .NET 1.1 все по такому сценарию и происходило. После установки .NET 2.0

Всё правильно. COM-приложения по умолчанию загружают последнюю существующую версию .NET Framework. То есть вторую.

А Visual Studio 2003 не может отлаживать второй дотнет.


Есть три выхода:

1. Написать Rational.exe.config, в ктором прописать, что для этого приложения всегда нужно использовать .NET 1.1
2. Написать небольшой компонент на C++, который при помощи CLR Hosting API загрузит в Rational конкретную версию .NET 1.1, тогда все последующие компоненты будут использовать только её.
3. Использовать для отладки Visual Studio 2005.