Здравствуйте, _Alesan_, Вы писали:
_A_>Или как можно организовать по другому смену билда в .rc файлах.

создать два rc файла rc & rc2 (это подробно описывается в MSDN) затем во всех файлах сослаться на rc2 где информация о версии. программно сдеалать checkout делается очень просто через IVSSItem (см. MSDN)

есть другой способ собрать все бинарники и затем "пропатчить" у них ресурсы (но тут придётся повозиться с написанием программы)