bnk>А система какая? Если винда/RDP почему бы просто не привязать лицензию к идентификатору пользователя например?
bnk>Ну еще как вариант сделать специальную лицензию с "поддержкой RDP" (на обычной лицензии тупо не запускаться в режимие RDP)

странно будет, если через RDP дороже.
AFAIK такое решается через сервер лицензий (в сети клиента).