A>Если EXE и PHP на одном хосте (Windows Server к примеру), в PHP есть функции exec и system и можно запускать exe с параметрами, в которых передавать что-либо. A>Если они лежат в разных местах, то для обмена данными можно использовать файл(ы).
Использовать екзешники мне было бы очень удобно, но разве большинство хостингов не являются линуксовыми а не виндовыми? Винда же глючит намного чаще?
"Ты должен сделать добро из зла, потому что его больше не из чего сделать". АБ Стругацкие.