ЕМ> Вы реально полагаете, что я всего этого не знаю

Да, вы реально не знаете, что предоставляет вам ваш регистратор.
Иначе бы не было вопроса — есть у него такая возможность или нет.

Реализация закачивания в другую директорию с атомарным переключением
от старой версии к новой версии — это то, что должен был вам предоставить
регистратор, но вы думаете как это сделать своими руками.

Правильное решение здесь — выбрать регистратора,
который предоставляет такую возможность.
Или у текущего регистратора попросить её реализовать и долго ждать.

Если же у вас своё ПО отвечает за хостинг, то транзакционность должно обеспечить оно,
и вопрос о том как это делается — это вопрос к программисту, т.е. к вам.
На сервере-на хостинге делаете демона, который обеспечивает API с транзакциями,
на компьютере проводящем деплоймент пользуетесь транзакциями.