Понятно, что устройство сотрудника как ИП, это очевидный большой риск фейла в налоговой и больших доначислений НДФЛ.

А если так:

1. Открываем организацию на Кипре: Software Dev, Ltd
2. Организация заключает договор с разработчиком ИП в РФ.
3. Разработчик в РФ работает по патенту.

Будут ли в этом случае у налоговой ко мне какие-либо претензии, если я резидент РФ.
Нагнуть кипрскую Ltd и заставить платить НДФЛ ведь они не смогут, в отличии от местного ООО.