Интересная статейка попалась. Всё-таки платить 6% нужно с суммы, получаемой в кошелек, а не на Р/С, и вычитать из налогооблагаемой базы комиссию платежной системы нельзя.

http://www.hopesandfears.com/hopesandfears/experience/management/123759-faq-kak-platit-nalogi-s-elektronnyh-deneg