Проблема решена Все оказалось просто
Программа сохраняет свои настройки в ini-файл, а после запуска их восстанавливает. В числе настроек — WindowState главной формы приложения. Чтение настроек происходит на FormCreate. И вот что удивительно — следующий код

procedure TForm1.FormCreate(Sender: TObject);
begin
  WindowState := wsMinimized;
end;

собранный на Delphi 2006 запускает программу просто в свернутом режиме — кнопка на таскбаре появляется
но будучи собранным на Delphi XE — программа при запуске появляется в списке процессов, но ни кнопки на таскбаре, ни главного окна на десктопе не появляется...