IT>Очень не хотелось бы такого развития событий. Какие есть хорошие и качественные способы защиты?
Часть — сложные, чем замороченней и нелинейней защита, тем сложнее ее поломать.
Если попроще, то я бы посоветовал VMProtect с виртуализацией, Armadillo с наномитами и Themida.

IT>На что нужно обращать внимания в первую очередь?
На самые узкие места в защите, при исправлении которых, смысл в защите теряется.

типа if серийный-номер-введенный = серийный-номер-сгенерированный then делаем дело.