S>Работаю на компанию. По условиям контракта права на написанный мной код принадлежат этой компании. Стандартный контракт в общем.

S>Означает ли это что компании принадлежат права на разработанные мной алгоритмы? Дело в том что среди них есть весьма специфические решения очень нетривиальных задач. Могу ли я, уволившись, реализовать это дело сам как шаровару или продвигать эти же алгоритмы при работе в других местах?

Огласите текст контракта.
По стандартному контракту, компании принадлежат все результаты труда плюс Вы не имеете права разглашать информацию, полученную в процессе работы в течение кого-то периода.