Что необходимо сделать чтобы к деньгам которые приходят на счет
за продажи не возникало вопросов у "органов" (второй вопрос: каких "органов"?)

Слышал что то что гонорар должен быть помечен как авторский?
Это верно. Плимус это делает? И какие регистраторы так делают?