Обычный WI Setup project, студия 2003.net.
Добавляю файлы из опр директории для копирования, создаю для desktop и program menu ярлыки указываю в них application folder\program.exe в свойстве ярлыка в проекте получается working folder = application folder; target = program.exe

после компиляции и инсталяции получаем на рабочем столе ярлык у которого в Start in прописана только директория куда была проведена инсталяция, project.exe нигде не упоминается. Это баг или фича