П>Таки и чего делать-то? Есть какая-нибудь идея?

Проблемный ACE типа SYSTEM_PROCESS_TRUST_LABEL_ACE_TYPE — на каталоге с приложением и некоторых файлах внутри.
На каталоге WindowsApps помимо обычного DACL есть только ACE типа SYSTEM_MANDATORY_LABEL_ACE_TYPE, но его можно при необходимости через icacls поменять (icacls /setintegritylevel medium).
Поэтому можно сделать копию папки с приложением, при этом у копии уже нет проблемного ACE, т.е. можно редактировать все файлы. Оригинальный каталог — удалить или переименовать.

Работоспособность приложения после этой процедуры я не проверял.