Здравствуйте, удусекшл, Вы писали:

У>Тут подумалось — надо, во-первых, таки проверить свои догадки, по поводу того, какие места в файле меняются. И вторая идея — если основная масса не меняется и не перемещается — то тогда может ручками нарезать хоть по гигу, и тогда с большой вероятностью целиком будет перекачиваться только первый и последние файлы?

Ты почти изобрел инкрементальный бэкап (и синхронизацию).
Инструментов готовых много, выбирай. rsync, Syncthing, zsync, zpaq и т.д.