Предполагаю что как-то нужно правильно приготовить поле пакета .pts
у меня в примере оно само получается после вызова:
avcodec_encode_video(pVideoCodec, pVideoEncodeBuffer, nSizeVideoEncodeBuffer, pOutputFrame);
но мне энкодить не хотелосьбы, т.к. у меня бывают последовательности кадров со статичным изображением...