Здравствуйте, serXXIo.

То, что Вы описываете, — не баг WIX, как могло бы показаться, а стандартное поведение, которое
описано в справочном руководстве (см. WIX Schema Reference, RegistrySearch).
Суть, вкратце, в том, что RegistrySearch не только устанавливает определенное свойство (Property),
но и присваивает ему некоторое значение, которое в специальной сжатой форме хранит type и data
соответствующей записи ключа реестра, в котором выполняется поиск.

RegistrySearch

Type = raw

Sets the raw value from the registry value.
Please note that this value will contain a prefix as follows:

DWORD
Starts with '#' optionally followed by '+' or '-'.

REG_BINARY
Starts with '#x' and the installer converts and saves each hexadecimal digit (nibble) as an ASCII character prefixed by '#x'.

REG_EXPAND_SZ
Starts with '#%'.

REG_MULTI_SZ
Starts with '[~]' and ends with '[~]'.

REG_SZ
No prefix, but if the first character of the registry value is '#', the installer escapes the character by prefixing it with another '#'.