Была схожая проблема — на MicroSD карте хранился кэш GPSProg'и ~75000 файлов, при этом место куда-то незаметно, но много исчезало..
Расследование определило причину — карта была отформатирована (FAT) с большим размером кластера — 32 Kb, и каждый маленький файл хавал по 32 Kb сразу. После переформатирования с кластером 2 Kb — папка кэша с более гигабайта (имеется в виду конечно 'Size on disk', причем который на смартфоне/навигаторе и не посмотреть толком) — уменьшилась до ~200 Mb, чистая 'экомомия' получилась около 1,6 Gb!