Понятно, что его можно запустить. Но можно так-же запустить и seput.msi. В чем разница? Зачем два файла?

Пользователю обязательно выкладывать и setup.exe и setup.msi? Тогда прийдется в архив, а некоторые не умеют архиватором пользоваться.