Windows Installer определяет что повреждены не файлы а компоненты. Каждый файл привязан к какомо-ту компоненту. Для компонента определяется свой KeyPath но только один. Попробуй вынести ярлыки в отдельные компоненты. Для компонента установить KeyPath на ярлык. Должно восстанавливаться.