Здравствуйте, Ivan240393, Вы писали:

I>Здравствуйте! Недавно копаясь в интернете я нашел статьи о создании клиентов и серверов через Socket.
I> Для примера привел ссылки конкретных примеров которые хотелось использовать.
Для чего использовать то? Опишите вашу задачу.

I>Так вот проблема в том что передаваемые данные не шифруются, как это сделать?
А что вам мешает данные шифровать?

I>Достаточно будет использовать зашифрованный протокол или еще доп. шифровать данные?
"Зашифрованные протоколы" тоже разные бывают. Вы задачу опишите конкретнее.

I>А так же я думаю что можно будет увидеть команды передаваемые серверу и использовать их в корыстных целях...
Так опишите чего именно вы боитесь.

I>Поэтому еще один вопрос: как лучше хранить пароли в приложении?
Вы от кого хотите защищать пароли? От пользователя? админа? трояна?