L>Придумал на такой случай лайфхак для плоского режима, частично решающий эту проблему: можно добавлять текущую страницу темы в Избранное своего профиля на форуме. Зная страницу, по идее, нетрудно найти последнее прочитанное сообщение. (Сам обычно добавляю текущую страницу в Избранное в браузере, поскольку читаю форум на одном компьютере. Как вариант, просто смотрю в Истории браузера, что уже открывал.)

Я ориентируюсь (примерно) по времени сообщений тем, которые я читал/читаю.
Хоть это и не совсем удобно в древовидном режиме.