Ф>Этот скрипт для PowerShell, он его апи использует. Для conhost.exe он не работает.

А у меня почему-то работает.
Запускаю так на w2k8r2:

c:\my_git_repo>"c:\Program Files\git\bin\git.exe" branch -a
c:\my_git_repo>powershell c:\color.ps1 > c:\output2.html

Правда, мне не очень нравится результат, но думаю, можно довести до ума.