Подумалось, что хорошо иметь возможность не создавать ForeignKeys при генерации классов (эта возможность есть в MS EF). Поэтому вот такой патч никому не помешает
http://emanovs.narod.ru/BLToolkit.ttinclude
По умолчанию работает как и раньше с использованием параметра по умолчанию. Если в GenerateModel передать параметр false, foreign keys уйдут из описания классов.