у меня для мускула потребовалось также указать ConnectionType
все заработало заработало вот так:

<#@ template language="C#v3.5" debug="True" #>
<#@ output extension=".generated.cs"   #>
<#@ include file="BLToolkit.ttinclude" #>
<#@ include file="MySql.ttinclude"    #>

<#
   ConnectionString     = "server=localhost;database=db;User Id=root;password=xxx";
   DataProviderAssembly = @"C:\vsproj\bltoolkit\Redist\MySql\MySql.Data.dll";
   ConnectionType="MySql.Data.MySqlClient.MySqlConnection";
   Namespace       = "DomainModel";
   DataContextName = "DataModel";
    // TimestampsAreNonUpdatable = false;

    GenerateModel();
#>