БП>Можно минимальный пример, где это воспроизводится?

Могу предложить такой вариант воспроизведения — попробуйте загрузить сборку следующими способами:

static int Main(string[] args)
{
    // В этом случае в CurrentDomain_AssemblyResolve придет как раз то, что просили загрузить - TestAssembly.dll
    try
    {
        Assembly asm = Assembly.Load("TestAssembly.dll, , Version=0.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=null");
    }
    catch (Exception exc)
    {
    }
    // В этом случае придет то, что и ожидалось.
    try
    {
        Assembly asm = Assembly.Load(new AssemblyName("TestAssembly, Version=0.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=null"));
    }
    catch (Exception exc)
    {
    }
}

А вообще код, вызов которого приводит к подобной проблеме привожу ниже, но оговорюсь, практически всегда все подгружается нормально, и только иногда случается такая неприятность:

object obj;
BinaryFormatter formatter = new BinaryFormatter();
obj = formatter.Deserialize(stream); // <- вот этот вызов пытается пытается подгрузить "SomeType.TypeBuilder.dll, Version=0.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=null"