Проблема вот в чём:

Сейчас установить интеграцию немерла куда-либо кроме %ProgramFiles%\Nemerle невозможно.
Это плохо, так как в современном мире есть Program Files и есть Program Files (x86).
Рано или поздно это создаст проблемы. Лучше заранее озаботиться о возможности установки интеграции в любое место.

Она дважды прибита гвоздями:

• В проектах есть
  

      <PropertyGroup>
          <Nemerle Condition=" '$(Nemerle)' == '' ">$(ProgramFiles)\Nemerle</Nemerle>
      </PropertyGroup>
      <Import Project="$(Nemerle)\Nemerle.MSBuild.targets" />

  
  Это можно вылечить, если поместить Nemerle.MSBuild.targets в папочку $(MSBuildExtensionsPath), как все это делают.
  "Все" в данном случае IronPython, D, Wix, Linq, .Net 3.0
  
  
• Нужно откуда-то брать ncc.exe. Все dll-ки можно поместить в гак, но exe-шник туда не влезет.
  Хорошо бы обойтись вообще без него. C#, например, обходится без запуска csc.exe, значит и мы можем.