Чтобы собрать инсталлятор нужно собрать сам немерл, затем vs-plugin, и запустить BuildSetup.bat
Должно произойти следующее:

1. Запустится RegPkg.exe и сгенерит из Nemerle.VisualStudio.dll файлик generated.wxi. Это та же утилита, которая регистряет интеграцию немерла в качестве post-build step. Только результат пишется не в реестр, а в xml-файл.
   
2. Скомпилируются Integration.wxs, NemerleBinaries.wxs и Product.wxs, к которым подмешивается generated.wxi
   
3. Соберётся собственно Nemerle.VisualStudio.msi

Несколько замечаний.

Файлы разделены на две кучи

Одна называется Nemerle Binaries и живёт соответственно в NemerleBinaries.wxs. Сюда входят:

Nemerle.dll, Nemerle.Compiler.dll, Nemerle.Macros.dll, ncc.exe, Nemerle.MSBuild.Tasks.dll и Nemerle.MSBuild.targets

Они попадают в %ProgramFiles%\Nemerle

Вторая кучка это Integration.wxs

Nemerle.Compiler.Utils.dll, Nemerle.VisualStudio.dll и Snippets

Они тоже попадают в %ProgramFiles%\Nemerle

Это всё настраиваемо и можно переделать, если что.

PLK не работает

Пишет в лог

<entry>
 <record>93</record>
 <time>2006/12/22 13:12:06.166</time>
 <type>Warning</type>
 <source>Microsoft Visual Studio Appid Stub</source>
 <description>CheckPackageSignature failed; invalid Package Load Key</description>
 <guid>{CF7296F1-47E5-4915-83A0-8C44961F0981}</guid>
</entry>

а на экран выдаёт окошко

Microsoft Visual Studio
---------------------------
The project file 'Temp\1l1aow4c.1lf\Temp\WindowsApplication1.nproj' cannot be opened. The project type is not supported by this installation. ---------------------------
OK Help
---------------------------

При этом на машине с установленным VSSDK всё замечательно работает.