Я не специалист в области банковских транзакций, но интуиция подсказывает следующее.
Есть координатор распределенных транзакцией.
Если он увидел, что какой-то из банков не выполнил свою часть транзакции,
он даёт другому банку (который часть транзакции выполнил) команду на откат транзакции.
Если переводить это на язык задачи про двух генералов, то получается
если генерал видит что атакует в одиночку,
то без потерь отступает,
возвращается на свою исходную позицию
и начинает согласование атаки заново,
если не отпала необходимость в штурме.
Да, можем потерять время, но при банковских переводах это случается редко и поэтому допустимо.