Архитектура системы — это набор фундаментальных принципов и свойств системы, выраженных в ее элементах и взаимосвязях между ними и принципах ее построения (дизайна) и эволюции. В применении к ПО, архитектура — это его статическая и динамическая структура (организация) в совокупности с видимым поведением и показателями качества.
Под дизайном же обычно понимают спецификацию какого-либо элемента ПО. Ну или сам процесс создания этой спецификаци.
Итого, архитектура — это "врожденное" свойство системы, дизайн — часть процесса разработки. У системы есть архритектура, даже если специально ее никто не разрабатывал. Спецификация архитектуры может быть результатом дизайна.