Здравствуйте, Нахлобуч, Вы писали:

Н>Я уже приводил в качестве примера libgit2 и libgit2sharp, который нельзя было завернуть в NuGet-пакет потому, что он искал нативные DLL'ки не в тех местах, в которые NuGet их мог положить. Посему, не всё можно засунуть в NuGet.

Эта проблема не имеет никакого отношения к NuGet. С нативными библиотеками всегда много геморроя — чаще всего проблемы связаны как раз с поиском нативных зависимостей (субъективная статистика). Лечится либо дополнительным билд степом, который копирует что надо куда надо, либо настройкой уместных переменных окружения в момент запуска (обычно достаточно добавить нужные пути в Path).