Здравствуйте, victor_od, Вы писали:

_>Проблема в том что каждый создаваемый класс, должен иметь конструктор, копирующий BaseHeader в поля своего базового класса
_>(что-то вроде "конструктор глубокого копирования" ), это неудобно и не очень красиво.
_>Как можно было бы сделать по другому?

Не понял зачем конструктор к этой задаче приплетать. Значения можно писать через сеттеры (Introspector, BeanUtils, Reflection) и даже напрямую в поля (Reflection + setAccessible(true)).