для меня оно очень затрудняет анализ программы,
особенно когда имеются 3 версии исходника, созданных из одной любителями
технологии Copy-n-paste и оказывается что отличаются они в основном наличием
комментариев в разных местах (вот бы научить WinDiff игнорировать комментарии
при сравнении)
про рефакторинг тоже уже говорили — когда переносишь метод в другое место,
ранее написанные комментарии теряют смысл