Вот в только что вышедшем Fedora Core 4
появился такой вот Native Eclipse:
http://www.linuxjournal.com/article/7413

Вот первые впечатления:
http://www.weiqigao.com/blog/2005/06/15/native_eclipse_comes_to_linux.html

Философский вопрос: имеет ли смысл вообще native compilation
для проектов типа Eclipse?

Основная проблема как я понимаю не в скорости исполнения
байткода а в архитектуре вообще. Например архитектура Java (работа с памятью особенно)
и стандартные решения Java UI ("политически корректные" но прожорливые до неприличия)
я думаю (уверен на самом деле) не позволят получить выигрыш в разы.

А?