Отвечаю сам, проблема полностью не решена, поэтому временное решение.
Хотя, нет ничего постояннее временного...
После того как ОС WindowsXP поставила драйвер (хотя драйвером это назвать..., ну да ладно) BallPoint устройство. Есть возможность его отключить (через диспетчер устройств). Причем не удалить, в этом случае ОС будет ставить драйвер снова а именно отключить. При этом, после загрузки ПК при включенном контроллере не происходит захват порта и возможно просто запустить программу управления контроллером.

Конечно, в лучшем случае поменять протокол общения контроллер-ПК но сейчас это сделать не получиться, по-этому такое решение.