Здравствуйте Cr0cK, Вы писали:

CK>В чем могут быть грабли, если программа написанная для Win 9x и работающая с COM-портом ( CreateFile, ReadFile... вобщем, ничего недокументированного ) перестала работать под Win2000, причем COM-порт открывается нормально, но всегда прием прерывается по таймауту.

Чем-чем...
В настройках таймаута по-умолчанию очевидно. Если в Вин95 можно было читать ответ из порта "сразу" после того, как туда был послан запрос, то в Вин2к ответ приходит не сразу.
Поменяй ручками параметры таймаутов и все будет хорошо.