G>Там нет инфы откуда certbot берет нужный пароль. Но есть ощущение, что там HTTPS и хрен ты его перехватишь.

Вы упрорно не понимаете, что не нужно перехватывать пароль

Вы сами можете подать запрос совершенно официально обратившись в Lets Encrypt
С помощью этой утилитки, которая больше никак не проверяет, вы ли владелец

Она спрашивает только: email, имена доменов. И присылает пароль. Её не надо запускать на сервере. Её можно запустить с любого компа