Здравствуйте, Шубин Евгений, Вы писали:

ШЕ>Как gmail и подобные собирают email в цепочки? По теме письма с префиксами или есть более надёжное поле?

Есть заголовки, которые почтовые клиенты могут ставить (а могут и не ставить ).
Можно тут почитать, например.