P>Давайте по порядку... Что за 10 Гбитный адаптер на захватчике?
Захватчик — компьютер промышленного исполнения с интегрированным адаптером на базе чипа Intel 82599.

P>Специальная железка для генерации трафика — это случайно не ixia?
Нет, это спец. плата на FPGA Xilinx.

P>После получения пакета вы с ним что-то делаете (копируете, разбираете, еще что-то)?
После получения пакетов в обработчике pcap_handler подсчитывается их число. Именно после подсчета здесь их число отличается от числа принятых драйвером winpcap пакетов (их меньше чем в поле ps_recv).

P>Пока могу сказать лишь, что встречал несовпадение количества отправленных пакетов и принятых из-за того, что драйвер сетевого адаптера их откидывал из-за неправильных контрольных сумм.
P>Встречал это на Linux'е на 1 Гбитном трафике с дровами tg3. Лечилось это соответственно отключением проверки контрольных сумм пакетов драйвером. Попробуйте отключить данную проверку, если это возможно и отпишите как обстоят дела.
Отключить проверку нельзя.

P>Endace DAG, из дешевых можно посмотреть pf_ring + DNA
Видел эти решения, но захват необходимо осуществлять под Windows 7 x64 и без использования доп. железа.