Использую nginx в качестве reverse proxy сервера и слушает порты 80 и 443. Apache висит на 81 порту, Java висит на 8112 порту.
Нужно пробросить:
1) http://www.domain.com/youtrack/ на http://127.0.0.1:8112
2) Все остальное http://www.domain.com/* на http://127.0.0.1:81

Конфиг nginx.conf:

...
#Apache (php)
        location / {    
            proxy_pass http://127.0.0.1:81;
            proxy_redirect http://127.0.0.1/ /;
            proxy_set_header Host $host;
            proxy_set_header X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for;
            proxy_set_header X-Forwarded-Proto $scheme;
            proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr;
            proxy_set_header X-Forwarded-HTTPS on;
            proxy_set_header X-Url-Scheme $scheme;
        }
# Java Web Server
        location /youtrack/ {
                        proxy_pass http://127.0.0.1:8112;
            proxy_redirect     off;
            proxy_set_header Host $host;
            proxy_set_header X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for;
            proxy_set_header X-Forwarded-Proto $scheme;
            proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr;
            proxy_set_header X-Forwarded-HTTPS on;
            proxy_set_header X-Url-Scheme $scheme;
        }
...

При вводе http://www.domain.com/youtrack/ выдает ошибку 404