Здравствуйте Orlik, Вы писали:

O>yарод подскажите как по pop3 протоколу пометить на сервере что сообщение уже прочитано , и как проверить прочитано оно уже или нет

Если хочешь работать с сообщениями на сервере используй IMAP-протокол.