Здравствуйте Orlik, Вы писали:

O>yарод подскажите как по pop3 протоколу пометить на сервере что сообщение уже прочитано , и как проверить прочитано оно уже или нет

Никак, можно только удалить.
Теоретически, mail server занимается доставкой, складирование и журналирование надо вести самому.