Компилятор C# справляется:

c:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319\csc.exe a.cs /r:Microsoft.AspNet.SignalR.Core.dll /r:Microsoft.Owin.dll /r:Microsoft.Owin.Security.dll /r:Newtonsoft.Json.dll

А вот Nemerle нет

ncc a.n -r Microsoft.AspNet.SignalR.Core.dll -r Microsoft.Owin.dll -r Microsoft.Owin.Security.dll -r Newtonsoft.Json.dll

error: Can't load types from 'Microsoft.AspNet.SignalR.Core, Version=2.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31bf3856ad364e35'. Error: Could not load file or assembly 'Microsoft.Owin, Version=2.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31bf3856ad364e35' or one of its dependencies. The system cannot find the file specified..

Ссылки Microsoft.AspNet.SignalR.Core:

// mscorlib, Version=4.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=b77a5c561934e089
// System.Core, Version=4.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=b77a5c561934e089
// Newtonsoft.Json, Version=4.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=30ad4fe6b2a6aeed
// Microsoft.Owin, Version=2.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31bf3856ad364e35
// System, Version=4.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=b77a5c561934e089
// Microsoft.Owin.Security, Version=2.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31bf3856ad364e35
// Owin, Version=1.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=f0ebd12fd5e55cc5
// System.Security, Version=4.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=b03f5f7f11d50a3a

А вот сами сборки имеют немного другие версии.
Microsoft.Owin: [assembly: AssemblyVersion("2.0.2.0")]

На всякий случай прилагаю все сборки для тестов: http://files.rsdn.ru/16901/dlls.7z