хАй всем!
Похоже, что я починил разруливание зависимостей между проектами в Msbuild.
А именно, работали некорректно ссылки Macro Project References: при изменении макроса автоматически не перекомпилировался проект использующий эти макросы.
Пожалуйста, потестируйте на ваших проектах.