Здравствуйте, _NN_, Вы писали:

_NN>Попробуй деинсталлировать, полностью снести "C:\Program Files (x86)\Nemerle", проверь переменную окружения Nemerle, ее тоже удалить стоит.
_NN>Ну и на крайний случай msizap все удалит подчистую

Сделал так:
1. Деинсталировал
2. Убедился, что "C:\Program Files (x86)\Nemerle" нету.
3. Снес переменную окружения Nemerle.
4. Перезагрузился.
5. Под админом запустил
msizap TWA! NemerleSetup-net-4.0-v1.1.772.0-nightly.msi
msizap TWA! NemerleSetup-net-4.0-v1.1.821.0-nightly.msi

Теперь окошек не кидает!

Но как и в версии 1.1.772.0, в 1.1.821.0 Error List полон всяких левых ошибок типа undound name, хотя все прекрасно компилится. Т.е. все еще существует проблема с каким-то extension/plugin'ом.