Заведена тема в github
Фикс для самого компилятора сделан.

Есть Форк на CodePlex.
Ждем принятия пул реквеста.

Для тех, как я, кто не в восторге компилировать все подряд, представляю собранный NuGet с поддержкой проектов Nemerle:

NuGet.Tools.vsix — ifolder, megaupload