Заменил прежний Nemerle.MSBuild.Tasks на новый, переписанный на C#.
Обновил NemerleAll.nproj и подчистил boot каталог.

Теперь процесс сборки выглядит так:
1) Собирается Nemerle.MSBuild.Tasks в каталог "bin\Конфигурация\Tasks"
2) Резульатат копируется в boot для сборки первой стадии
3) Все стадии копируют его к себе из "bin\Конфигурация\Tasks"